Mi temps thérapeutique et déplacement professionnel

Bonjour, Je suis en 1/2 temps thérapeutique pour une durée de 2 mois maxi, et je dois faire 17h30 par semaine. J'ai demandé au médecin du travail une souplesse sur les horaires de sorte qu'il ne fige pas les 17h30 répartis sur la semaine car j'ai parfois un déplacement professionnel à faire. Lorsque je vais en déplacement, je pars en train à 06h00 le matin et mon train de retour me fait arriver le soir à 21h00 à la gare. De 06h à 21h, j'ai un peu plus de 5h de trajet. Pour le calcul de mon mi-temps, c'est à dire des 17h30 hebdomadaire, le temps de trajet pour la journée en déplacement doit il être compté ? L'un de mes responsables les compte, l'autre ne semble pas d'accord et le médecin du travail ne sait pas !!!! Dans l'attente de vos réponses.