Autoentrepreneur, et accident de travail...?

Bonjour ma question est assez biscornue. Octobre 2011 j'ai ouvert mon autoentreprise de peinture décoration. En aout 2012, de violentes douleurs à l'épaule droite suite à une chute (je suis droitière) m’empêche d’effectuer correctement mon métier, le médecin me met donc en accident de travail qui ne sera pas pris en charge car arrivé en tant qu'artisan. Afin de ne pas rester sans activité, une fois les douleurs estompées, je trouve un emploi dans un magasin mais au bout de quelques semaines, un faux mouvement me fait rechuter et les douleurs reviennent. Mon employeur me fait alors une attestation d'AT que RSI me refuse car il ne prennent pas en charge les AT. Cependant cette fois ci j'étais bel et bien en poste chez un employeur. Il va de soi que je perds beaucoup... puisque je dois avancer tous mes frais médicaux (20 séances de kiné et une opération de l'épaule à venir) et que je ne suis indemnisée qu'au minimum c'est à dire 20€journaliers... Quel est mon recours? sont -ils dans leur droit?