Sachez que si l'autoentrepreneur n'a aucune autre activité parallèle (salarié, retraité, étudiant), il lui faudra être affilié depuis au moins un an pour espérer les percevoir. De plus, ces indemnités seront calculées sur la base du chiffre d'affaires réalisé et pourront donc être très faibles. C'est pourquoi, comme tout travailleur non salarié, l'autoentrepreneur doit se préoccuper de sa couverture sociale complémentaire, notamment en ce qui concerne le versement d'indemnités journalières en cas d'arrêt de travail. Il est également fortement conseillé de souscrire une mutuelle santé complémentaire. Pour toutes les questions concernant la protection sociale maladie et maternité, l'interlocuteur à contacter pour l'autoentrepreneur est le Régime social des indépendants (RSI).
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