Congé longue durée dans la fonction publiq. territ

Je suis employée dans la fonction publique territoriale, en congé logue durée pour dépression jusqu'au 31.09.2009. Je perçois mon salaire au taux plein.Le médecin expert me laissait entendre lors du dernier contrôle que je pourrais reprendre le travail à mi-temps thérapeuthique dans un autre service. Je suis inquiète car je ne suis pas sûre que je supporterai de reprendre le travail même à mi-temps. Si je suis obligée de reprendre le travail, à mi-temps thérapeutique, dans un premier temps, si je ne vais pas bien, mon médecin traitant peut-il me donner un arrêt de travail pour dépression malgré la décision de la commission de faire un mi-temps thérapeuthique. Quelle pourrait être la position de mon employeur, peut-il refuser cet arrêt, ne plus me payer mon salaire, ou payer à demi-salaire. Je sais que si on bénéficie d'un congé longue durée, on ne peut plus être en arrêt pour la même raison (dans mon cas pour une dépression) pendant 1 an.