Bonjour,
j'ai également eu le même soucis que vous.
J'ai appelé la CPAM qui m'a conseillé de ne rien retraité de ses indemnités IJSS puisque, contrairement à un salarié, il n'y a pas d'impact sur les cotisations sociales puisqu'un apprenti n'a pas de cotisations ou très peu.
Voilà, si cette réponse peut aider certaines personnes.