Tranche B et tranche A

Je suis en contrat d'apprentissage, mon contrat s'est terminé le 31 août 2010. Mon employeur m'a refait un nouveau contrat en CDI en y reportant les congés payés qui me restait en tant que contrat d'apprentissage. Au bout de 3 semaines j'ai trouvé un autre emploi donc j'ai démissionné, l'employeur me calcule les indemnités de congés payés sur la base de mon salaire en tant que contrat d'apprentissage et en plus me déduit les 25 % de cotisations. A t il le droit ? En plus vue que le salaire plus les congés payés dépasse leplafond il me fait cotiser sur la tranche B pourriez vous me dire si cela est juste