En arrêt maladie la caisse ne veut rien me verser

Bonjour , le 26/09/2012 j'ai dû cesser mon travail (ménisque) pour un arrêt ( 3 jours puis 3 prolongations)jusqu'au 5 /11/2012 . Il faut préciser que c'est la 1ére fois en 35 ans que je suis arrêter plus de 4 jours . De plus, les jours de carence sont payées par mon employeur donc , j'ai remis à chaque fois les 3 feuilles de maladie au patron qui m'en rendait 2 . Là où est mon erreur c'est que je n'ai pas envoyé les 2 autres à la SS (je ne savais pas). La SS m'a envoyé un courrier le 2 novembre (37 jours après) ainsi qu'à mon employeur m'informant du non paiement de toute cette durée . J'ai donné tous les papiers le 5/11 , mon patron rédigea un courrier pour expliquer ma bonne foi que j'ai envoyé avec mes explications de ce fait , en lettre AR à l'intention du directeur de la caisse , avis de réception le 21/11 . Aucune nouvelle depuis !!! amicalement