Longue maladie et congés payés

Bonjour, Je travaille comme aide ménagère dans une association d'aide aux personnes agées, je suis malheureusement en arrêt maladie de longue durée depuis août 2010 pour un cancer, et apparament je ne suis pas prête de reprendre car toujours en traitement de chimiothérapie.J'ai aujourd'hui un reliquat de 39,5 jours de congés à prendre. Mon employeur me propose de me les payer avant qu'ils ne soient perdus, mais il pense que pour cela il doit d'abord me licencier pour me réembaucher lorsque je serais apte à reprendre mon travail. J'aimerais bien accepter, mais j'ai peur que mon statut ne change, que le complément de salaire ( de l'IRCEM ) que je touche actuellement en plus des indemnités journalières de la sécurité sociale ne me soit plus versé, que je perde mon ancienneté à cet organisme, quel sera l'incidence sur ma retraite si je ne suis plus assimilée comme salariée car pour l'instant je suis toujours dans les effectifs de mon association... etc. Merci pour vos réponses.