Paiement pour arret maladie non affilié à la cnracl

Je suis en arret maladie depuis mai 2011 opération genou j'ai eu mon salaire intégral pendant 3 mois et depuis juillet jusqu'à décembre 2012 salaire demi traitement. mon dossier est passé devant comité médical qui m'a reconnu en longue maladie depuis mai 2011 jusqu'en mai 2013. est ce que mon employeur doit régulariser mon salaire c'est à dire me payer l'intégralité de mon salaire depuis juillet 2011 sachant que je suis dans la fonction publique mais non affilié cnrcal donc la cpam redonne surement l'autre moitié de mon salaire à mon employeur. ou est ce qu'il continue de me payer à demi traitement jusqu'en mai 2013 merci de votre réponse