Maladie ordinaire et longue maladie

Je travaille dans la fonction publique territoriale .Je suis en arrêt maladie depuis février 2011 pour le traitement d'un cancer du sein. Depuis cette période je suis en maladie ordinaire. Je suis passée devant un médecin expert récemment pour que mon dossier passer à une commission pour savoir si je passe en maladie longue durée? Mon médecin traitant me conseille de reprendre mon activité début janvier. Je souhaiterai reprendre à cette période, mais ne vais je pas perdre de l'argent ? Sachant que j'ai eu mon salaire les 3 premiers mois puis un demi traitement complété par une mutuelle environ 40%. Donc je percevais environ 90 % de mon salaire. J'avoue que je suis un peu paumée au niveau de mes droits. Merci de m'apporter une réponse