AGENT D'UNE COLLECTIVITE TERRITORIALE - CMO - IAT

J'étais en CMO du 5 janvier 2009 au 29 septembre 2009 suite à des fractures Tibia-Péroné. J'ai perçu les 3 premiers mois mon salaire à 100% ensuite j'étais en 1/2 traitement. Le 20 janvier 2010, j'ai été hospitalisé pour enlever la plaque au tibia problèmes d'infections. Suis-je en traitement complet ou en1/2 traitement ? D'autre part, je percevais un IAT. Cependant, comme j'ai été absent en 2009, la collectivité ne me verse plus du tout l'IAT même pas 3/12eme. Elle considére que toute absence de plus d'un mois l'année précédente entraine pour l'année en cours une absence totale de versement d'IAT. Est-ce légal ? Merci de vos réponses