Arret maladie pendant congés payés

Bonjour, Mon fils travaille dans une école dans le cadre contrat avenir. Devant se faire opérer de agmydales , il a choisi de se faire opérer pendant les vacances. Il a eu 12 jours d'arrêt de travail qu'il a envoyé (malgré qu'il soit en congés) au service paies. CE mois ci, on lui retire les 12 jours d'arrêt maladie de son salaire. Aprés renseignement, on lui dit qu'il n'avait qu'a pas envoyer son arrêt maladie et il aurait été payé comme d'habitude c'est à dire salaire total. Pouvez vous me dire si la gestionnaire de paie à fait une erreur ?