Congés mat en contrat d'apprentissage

Je suis actuellement en contrat d'apprentissage depuis bientôt deux ans (le 16 août 09) dans le cadre d'un BTS ESF que j'ai passé ce mois ci (juin 09). Mon employeur est d'accord pour renouveler mon contrat d'apprentissage pour une 3ème année : un Diplôme d'Etat de conseillère en Economie Sociale Familiale. Cette formation commencerai le 2 novembre 09. Ma question: je suis actuellement enceinte (l’école et l’employeur sont informés) de bientôt 6 mois, ma date de terme est prévue le 24 octobre 09, résultat, je devrai manquer 10 semaines (novembre décembre) de formation, soit au total 3 semaines de cours, représentant 105 heures de cours sur un total de 540 heures obligatoires, pour pouvoir valider la formation et passer l'examen. Est ce que cela me pénalisera? Puis je tout de même poursuivre ma formation, étant donné que c'est un congés maternité?... Car la responsable de la formation m’a dit qu’apparemment ce n’était pas possible de manquer des cours car les 540H sont obligatoires pour pouvoir valider la formation. Mais la c’est un congés maternité, alors je ne comprend pas, on est salarié, on a les mêmes droits normalement, apprenti ou pas.