Formation professionelle et arrêt maladie

Peut-on aller en formation professionelle quand on est en arrêt maladie ? Mon employeur me réclame les sommes qu'il m'a versées alors que j'étais en arrêt en maladie car pendant cette période, je suis allée plusieurs fois à des journées de formation professionnelle. Il dit que j'ai interrompu de moi-même mes arrêts et que je n'ai pas justifié de mon absence à mon poste de travail pour la période qui a suivi. Que dois-je faire ? En a t-il le droit ? J'ai reçu un courrier de la CGSS refusant de payer des indemnités pour ces journées.