Indemnites en cas de licenciement a l amiable en suisse

Je suis frontalière et travaille dans le canton du Jura en Suisse. Depuis quelques mois mon employeur exerce différents moyens de pression sur moi afin je pense de ma pousser a démissionner. Mes relations avec ce dernier se sont dégradées au fil des derniers mois. En effet, j'ai accouché prématurément au mois de février d'un enfant sans vie alors que j'étais enceinte de 24 semaines,(certificat gynécologique à l'appui). Je me suis adressée à la caisse de compensation pour savoir si je pouvais bénéficier d'un congé maternité et on m'a précisé qu'on pouvait y prétendre a partir de 23 semaines de grossesse, ce qui était donc mon cas.Mon employeur a essayé de me le refuser car d'après lui on ne compte pas une grossesse en semaine d'aménhorrée mais a partir de la date de conception, ce qui d'après lui ramènerait la durée de ma grossesse a 22 semaines et demi. Je suis aujourd'hui a la fin de ce congé maternité et ai rencontré mon employeur aujourd'hui afin de convenir d'un licenciement à l'amiable. Celui ci m'a d'abord certifié que je n'avais pas droit à 16 semaines de congé maternité mais à 8 semaines et que je lui dois donc 2 mois de salaire, soit 12000CHF. Comme je campais sur mes positions il m'a ensuite proposé d'alléger ma facture à 2000CHF. Sure d'être dans mon bon droit, j'ai aussi refusé cette proposition. Il me propose donc d'annuler complètement ma soit disant dette en me précisant qu'il ne me doit plus rien non plus et dans ces conditions il serait d'accord pour un licenciement à l'amiable que nous signerons demain après midi. Je me demande maintenant si il n'est pas tenu de me verser ce qui correspond a mes congés payés et une partie du treizième mois. Je vous remercie par avance pour les éléments de réponse que vous pourrez m'apporter