Passer d'auto entrepreneur à profession libérale

Bonjour, Je voudrais savoir comment se passe la transition entre le statut d'autoentrepreneur et la profession libérale (je suis architecte). En effet, je pense que cette année, je vais dépasser le plafond. En effet, je vais avoir un taux d'imposition plus important mais avec possibilité de déduire les frais professionnels. Cependant, certaines factures sont émises sans TVA. Comment cela se passe-t-il au niveau de l'URSSAF ? Tiennent-ils compte de l'année entière ? Merci