Régularisation salaire Suisse 1 an après démission

Bonjour, Résident français, j'ai travaillé en Suisse de aout 2008 à janvier 2009 comme frontalier. Ma démission (forcée) s'est relativement mal passée, le patron me promettant qu'il serait impossible pour moi de retrouver du boulot. Je n'ai, à ce jour, jamais eu d'explication sur la raison de sa colère envers moi. De toute façon, ce travail ne me plaisait pas et j'avais annoncé mon départ quelques jours plus tôt. Je viens de recevoir un courrier m'indiquant que j'étais créditeur d'environ 400 CHF, avec le motif suivant : "Etant donné que vous avez quitté la société ... début 2009, nous n'avons pas effectué de demande d'indemité de résidence vous concernant pour votre salaire de janvier 2009. Dès lors vous êtes imposé sur la totalité de votre salaire et ne bénéficiez pas d'indemnité de résidence". Effectivement, l'indemnité de résidence permet de payer moins d'impôt. Pour cela, il faut répondre à certains critères et l'employeur doit en faire la demande auprès de l'administration fiscale Suisse. J'en ai bénéficié en 2008 et il aurait été logique que cela se poursuive en 2009. Sur ma feuille de salaire de janvier 2009, cette indemnité apparait bien. Hors, j'apprend 1 an après mon départ, par cette lettre, que mon employeur n'a pas jugé bon de faire la demande pour 2009, probablement dans le seul but de "m'emmerder". Je dois donc rembourser le trop perçu. Comme je trouve cette façon de faire étrange, je n'ai pas encore payé. Mais on me menace de m'envoyer un organisme de recouvrement. Suis-je obligé de payer ?... Comment me sortir de ce piège ?