En CDI depuis plus de 5ans et 6 mois d'arret en maladie prof

Bonjour, cela fait plus de 5 ans que je suis dans mon entreprise.J'ai subi une operation le 21 mai 2012 et, vais reprendre mon emploi ce 21 novembre 2012. Je vais donc consolider ma maladie professionnelle (consolidation avec sequelles-operation canal carpien, tjrs grosses douleurs au poignet, avec impossibilité de m'appuyer sur mon poignet).A ma reprise, je souhaite faire une rupture conventionnelle.Ma question est : est ce que pour le calcul des assedics, ne serais-je pas pénaliser pour le paiement de mes indemnités mensuels?vont ils prendre en compte mes 6 mois de paiement de la securité sociale(maladie professionnelle)? ou vont ils prendre mes 3 derniers de travail pour le calcul?(si bien sur je peux tenir 3 mois dans ce cas? merci de votre reponse