CONGER LONGUE MALADIE OU AFFECTION LONGUE DUREE

Je suis en arret de travail depuis novembre 2008. exactement en AT suite à des malaises(du au stress et surcharge de travail) sur le lieu du travail et en trajet maison travail.je suis fonctionnaire dans la fonction hospitalière , la commission de réforme ne veut pas imputer mon arrêt en accident de travail.(car aucun lien avec l'activité professionnelle) on m'a diagnostiqué un syndrome de fatigue chronique et fibromyalgie , le médecin m'a fait une demande d'ALD . quelle est la différence avec un conger de longue maladie SUR LE PLAN ADMINISTRATIF? Pour l'instant je ne peux pas reprendre mon travail à temps complet mais peut être un mi temps thérapeutique. quelle est la procédure pour être prise en charge et surtout pour l'avenir car dans la fonction publique lorsqu'il y a une absence supérieure à 3 mois , on passe à 1/2 salaire ceci durant 1 an calculé par rapport à la date de la dernière absence. le bureau du personnel me précise qu'il faut faire une demande de CLM et mon médecin m'a fait une ALD non exonérante car mon affection ne se trouve pas dans la liste des maladies répertoriées en CLM. j'avoue que je suis fatiguée et ces problèmes administratifs sont très lourds.que dois-je faire? ALD ne concerne pas seulement la prise en charge sécurité sociale? MERCI de m"apporter des infos