Durée du congé de longue maladie

Je suis fonctionnaire territoriale titulaire, en arrêt maladie depuis le 18 octobre 2007 pour traitement d'un cancer (chimio et rayons. Fin 2007, j'envoyais des arrêts maladies allant de quinzaine en quinzaine puis après le diagnostic médical, les durées étaient trimestrielles. J'ai pu reprendre mon activité le 18 octobre 2008 à 50% puis à 60% le 18 avril 2009 toujours des périodes de trois mois). Je pensais pouvoir bénéficier de deux ans à temps partiel thérapeutique à compter de ma reprise soit 18 octobre 2008. Seulement on m'informe que ce sera 2 ans seulement à compter que du premier arrêt maladie soir le 18 octobre 2007 avec une reprise à temps plein au 18 octobre 2009. Su le plan physique, la reprise à 80% serait confortable. Si c'est 60 % ou 80% de temps travaillé à compter du 18 octobre 2009, ce sera idem pour le salaire alors qu'avec le Congé de longue maladie, je suis garantis de la totalité de mon traitement. Pouvez-vous me répondre. Avec mes remercimeents.