Comment puis-je me défendre en tant qu'apprenti?

Bonjour, j'ai 24ans et je suis actuellement en contrat d'apprentissage en patisserie pour passer le diplome du BTM. J'ai débuter ma formation au mois d’août 2011 et je n'ai eu la chance de signer mon contrat courant le mois de décembre 2011 m'obligeant donc à rater la moitié de ma 1 ère année de formation au sein du CFA. Par ailleurs la durée de mon contrat ne m'accompagne pas jusqu'au passage de l'examen, s'arrêtant fin juin et mon examen début septembre. Je suis actuellement dans une entreprise regroupant plusieurs points de ventes et ayant chacun leur propre laboratoire de fabrication. Le patron n'est que gérant de l'entreprise (Il n'est pas du métier que ce soit en patisserie ou en boulangerie). Un chef patissier est donc chargé de la partie patisserie dans l'ensemble de l'entreprise. Ce dernier est actuellement mon maitre d'apprentissage mais les relations entre lui et moi se dégradent au point de compromettre pleinement ma réussite à l'examen. Au début de ma formation je travaillais au sein du même laboratoire, mais depuis plus de 6 mois je suis chargé d'aller suppléer l'équipe travaillant à l'autre point de vente dont la gamme de production diffère grandement et dont la charge de travail n'a aucunement été augmenté. Passant d'une production artisanale au premier laboratoire à une production de produits surgelés et la possibilité de pouvoir m'exercer (au travail du sucre d'art et du chocolat) en dehors de mes heures de travail m'est impossible pour causes: - un laboratoire mitoyen à celui des boulanger. - Des particules de farine volant à travers tout le laboratoire. - Le four des boulangers se trouvant à moins de 10 mètres du laboratoire patissier et imposant une température ambiante de plus de 30°C Par la suite j'ai arrêté de poursuivre mes cours au CFA voyant que ma réussite à mon examen était loin d'être acquise. Au delà de ces conditions, j'ai eu la malchance de rater le réveil un matin (ce qui peut arriver à tout le monde), alors que je n'ai jamais été absent jusqu'à présent. Constatant à mon réveil aucun appels manqués sur mon téléphone. J'ai eu l'injustice, le jour suivant, d'être puni, d'être sermonné et d'être renvoyé chez moi alors que ce cas s'est déjà produit par 2 fois mettant en cause un autre ouvrier arrivant comme une fleur et sans impunité, et ne justifiant en aucun cas son absence... Il y a encore plusieurs faits, mais que je ne citerai pas. J'aimerai savoir quelle attitude dois-je adopter pour ne pas me mettre en tort, sachant que mes conditions de travail vont être de plus en plus difficiles. Le fait que j'ai décroché au niveau des cours m'est-il préjudiciable? Je vous remercie d'avance pour vos réponses à venir