Modification d'un permis de construire en cours

J'ai fais acquisition d'une maison avec garage indépendant localisé dans le périmètre d'un monument historique. Souhaitant transformer le garage en habitation, j'ai déposé un permis de construire pour le changement de destination et la création de fenêtres en remplacement des portes d'accès du garage. L'architecte des bâtiments de France à donné un avis favorable avec prescriptions concernant la dimension des fenêtres. De ce fait, la mairie m'a informé que l'article R423-3 du code de l'urbanisme s'oppose à l'article R424-1 de ce même code de l'urbanisme et m'informe qu'un permis de construire tacite ne peut être délivré, donc qu'en absence de réponse dans les délais la demande de permis serait considérée comme refusée. Les délais s'achevant en Janvier 2009, je voudrais savoir s'il serai possible que je fasse une modification de la demande de permis en cours pour corriger la dimension des fenêtres ce qui ne donnerai plus lieu d'être aux prescriptions de l'architecte des bâtiments de France et me permettrai d'avoir un permis de construire tacite. Si cela est possible comment faut-il procéder ? Merci