Accident de trajet d'un fonctionnaire

Bonjour, Je suis fonctionnaire de l'Etat. J'ai subi un accident de trajet non responsable en 2002. J'ai contesté le protocole d'indemnisation de l'assureur adverse. Mon avocat a mené l'affaire et le jugement est tombé en avril 2011, me donnant des indemnisations sur les différents préjudices et aussi, un taux IPP de 13% d'un montant de 13000 euros. L'Etat, également a mis un avocat (un agent judiciaire du trésor) pour défendre leurs intérêts, remboursement de frais médicaux etc..... Dans mon travail, dans le fonction publique j'ai demandé une allocation temporaire d'invalidité auquelle j'ai droit et l'avocat de l'Etat (agent judiciaire du trésor) veux soustraire de mon (ATI)allocation temporaire d'invalidité (coté travail) les 13000 euros de l'IPP de 13% que j'ai gagné du jugement contre l'assureur de la partie adverse. Est ce que c'est normal? J'ai encore quelques jours devant moi pour faire appel. Merci de votre aide. Didier