Arrêt maladie et salaire.

Atteinte d'une longue maladie, je travaille depuis 15 mois sous statut travailleur handicapé. Mes problèmes de santé s'aggravant je devrais être en arrêt de travail mais je ne sais pas quel salaire me seras alors payé? Je précise que mon employeur ne respecte pas du tout mon contrat. J'ai effectué plus de 500 h suppl. qui ne me seront jamais payées. (idem pour les congés payés)?.Bien sur l'inspection du travail me conseille d'envoyer une lettre recommandé à mon employeur. Le médecin quand à lui pense que je dois m'arrêter de travailler au moins plusieurs semaines! Merci répondre à ma question à savoir quel pourcentage de salaire je devrais percevoir?