Heures perdues en congé maladie dans fonction publique territoriale

Je suis atsem titulaire dans une collectivité territoriale à temps complet annualisé à 1607 h. Mon planning de travail prévoit des semaines de 40 h pendant les périodes scolaires et des semaines de 35 h pendant les vacances scolaires pour effectuer des taches d'entretien plus 25 + 2 j de congés payés et des jours non travaillés. J'ai été en arrêt maladie pendant 6 semaines pour subir une opération sur des semaines de 40 h. Mon responsable me déduit 30 h que je dois faire en plus car, me dit-il, les semaines en congés maladie sont de 35 h! J'ai questionné le centre de gestion qui me dit que c'est faux car le congé de maladie ordinaire se cale sur le planning de l'agent au moment de son arrêt et que si je devais faire 40 h, je suis présumée avoir effectué ce quota d'heures (jurisprudence CAA Bordeaux du 11/02/2008). Mon responsable ne veut pas en entendre parler!! Pouvez-vous me donner votre avis et qu'ai-je comme recours face à cette situation? Je vous remercie d'avance.