Mi-temps thérapeutique

Bonjour , J'ai eu des arrêts maladie en novembre ,décembre 2009 et janvier 2010 et mon employeur refuse de maintenir mon salaire intégralement pour ces périodes.Hormis la prévoyance qui complète les indemnités journalières de la CPAM, mon employeur ne paye pas les jours de carence. Il avance que je n'ai pas retravaillé 6 mois à temps complet depuis le 1er octobre 2009 car il considère le mi-temps thérapeutique que j'ai eu du 1er janvier 2009 au 30 septembre 2009 comme un arrêt de travail .Or ,ma convention collective précise qu'il faut avoir repris "ses fonctions" au moins 6 mois.D'autre part j'ai bien acquis des congés payés et un 13ème mois sur la période. Je ne comprends pas cette incohérence d'interprétation. Je n'ai pas de réponse à ce jour de leur part et je voudrai faire une action aux prud'hommes. Ais -je raison de faire une démarche pour demander la régularisation de mes salaires ? Je vous remercie d'étudier ma demande. Dominique P.