Retenue de caution

Bonsoir, c'est assez simple ... voila 2 ans que je loue un appart, il y a du parquet flottant et celui-ci est taché par endroits,( l'effet de la serpillere et de l'humidité ambiante ) des traces noires entre certaines lames; sur l'etat des lieux d'entrée, l'agence à qualifié tous les supports (murs, plafonds ... ) avec la lettre A, devant parquet il n'y a aucune note ... ont-ils le droit de retenir ma caution ? J'ai aussi eu un dégat des eaux venant de l'appartement du dessus et les travaux pris en charge par l'assurance ne sont pas encore réalisés, mon propriétaire est au courant de tout cela et a demandé dans un premier temps à l'agence de ne pas réaliser l'état des lieux, que l'appartement lui convenait ( il aménage dans les lieux apres mon départ et nous nous entendons tres bien ) celle-ci a dit que c'était obligatoire. Peuvent-ils malgré tout retenir ma caution ? Merci de votre réponse.