Trop perçu et refus CLM fontionnaire

Ma fille a eu de très graves problèmes de santé en novembre 2011. Je me suis mise en arrêt et repris mon activité 4 mois entre fin janvier et fin mai. Entre le CHU (elle est toujours hospitalisée à ce jour) et mon boulot, j'étais trop épuisée moralement et physiquement donc j'ai demandé un CLM en juin 2012. J'ai été convoquée le 26/10/2012 par un médecin expert qui a émis un avis favorable à ma demande. Malgré cet avis, le Comité Médical a refusé le CLM. Jusqu'à ce jour, je percevais l'intégralité de mon salaire. Du coup, le CLM est transformé en CMO et je dois une somme importante à l'Administration car je dois être rémunérée à 50% depuis mi-juin 2012. Puis je demander une remise gracieuse de cette somme ? Est ce normal d'être convoquer chez un médecin expert 6 mois après ma demande ? Merci pour votre aide