Vais je perdre mes conges payes et rtt

Bonjour je vous ecris ce jour car je suis actuellement en conges maladie depuis le 26/08 pour menace accouchement premature et ce jusqu'a la fin de ma grossesse au mois de decembre. Mon conge maternite debutera le 21 novembre sachant que j'avais la possibilite de pendre aussi le conge pathologique et je ne reprendrai une activite salariale que le 1 er juin apres 2 mois de conges parental. Je suis actuelle en municipalite en arrete municipaux de 1 an qui se terminera le 31 decembre et mon employeur ne me recommencera un nouvel arreter que quand je rentrerai soit en juin2014 Donc vais je perdre mes conges de fin d'année ou puis je me les faire payer? Merci d'avance