ALD (+ d'1 an) et paiement des congés payés

Mon fils de 29 ans a été opéré d'une tumeur cérébrale en avril 2007. Il n'a pu reprendre son poste que le 1er septembre 2008. Il avait cumulé 38.5 jours de congés payés : 11 jours de 2006/2007 (accord employeur) + 27.5 jours pour 2007/2008. L'employeur a pratiqué une subrogation dégressive pendant 3 mois, puis la CPAM a pris le relais... Que deviennent ces conges payés ? Sont-ils perdus ? Peut-il y avoir cumul du versement des CP avec les IJ de la CPAM ? L'employeur n'aurait-il pas du lui verser lorsque mon fils lui en a fait la demande, à l'issue de la subrogation ? D'avance MERCI