Calcul indemnités rupture conventionnelle après maladie

Bonjour En arrêt maladie depuis novembre 2016, j'ai continué à percevoir mon salaire en totalité pendant 4 mois et mon employeur percevait les IJ ensuite, j'ai perçu les IJ et la complémentaire me versait la différence - je suis en cours de négociation pour une rupture conventionnelle, comment vont être calculées mes indemnités puisque sur le document l'employeur doit mentionner les 12 derniers salaires versés et du coup il va déclarer 3 mois à 100 % et ensuite 9 mois à environ 50 % de salaire brut (la différence étant payée par la SS). Je crains d'être pénalisée et aurais souhaité que le calcul puisse se faire sur mon salaire à 100 % ou bien est-ce que les Assedic prendront en compte les IJ en + ? merci par avance pour votre réponse IK