Subrogation et commissionnement

Bonjour actuellement en congé maternité, mon employeur a mis en place la subrogation avec les IJ de la CPAM. Chose qui est bien faite puisque je touche bien le montant des IJ que la CPAM lui verse, mais le problème c'est que chaque mois j'ai des commissions qui me sont versées et depuis que je suis en arrêt, celle ci bien que marquées dans mon brut se retrouvent annulées par le calcul du maintien du net , et du coup je ne touche pas ces dernières? Est ce normal? Car si il n'y avait pas la subrogation, je toucherai mes IJ directement par la CPAM et mon employeur me verserait mes primes (déduction faite des cotisations salariales) Mon raisonnement est il logique? Par avance merci de vos réponses