Subrogation maladie cadre

Dans le cas d'une franchise de l'employeur non pas de 3 jours mais de 3 mois, pour ces salariés, comment peut on envisager la déclaration de l'indemnité journaliere maladie sachant que l'employeur bénéficie de la subrogation et maintien le brut et le net du salarié.(tel que s'il acait eu une activité) LA cpam transmet en fin d'année un fichier du montant des IJ à déclarer, comment le salarié doit-il se manifester pour ne pas avoir ces IJ à déclarer qui majorent son net fiscal.