Comment calculer indemnité incapacité ?

Bonjour, Je suis en maladie depuis décembre 2008, mon arrêt de travail va jusqu'au 9 juin 2010. Le médecin du travail va me déclarer inapte à mon poste. J'aimerai savoir comment calculer les indemnités de licenciement que je vais percevoir : il faut prendre en compte la moyenne des 3 derniers mois de salaire brut ou le salaire moyen des 12 derniers mois, mais comme je suis en maladie depuis 17 mois, il n'y a aucun salaire de perçu hormis la part qui m'est attribuée par mon régime de prévoyance et bien sûr les IJSS. Mais ma feuille de paie est presque nulle. Alors comment fait on ? Merci par avance.