Indemnités de rupture depuis l'abrogation du CNE

Nous nous sommes entendus avec le salarié que je souhaite licencier pour procéder à une rupture conventionnelle. Lors du premier entretien destiné à définir les modalités de cette rupture, nous ne sommes pas tombés d'accord sur le montant des indemnités. Nous lui avons proposé une indemnité supérieure à l'indemnité légale. Ce salarié, assisté d'un conseiller du salarié fait référence à son Contrat Nouvelles Embauches signé le 10/10/07, et malgré que celui-ci ait été abrogé en juin 2008 et requalifié en CDI de droit commun, l'absence d'avenant à ce CNE oblige l'employeur à verser les indemnités prévues au contrat d'origine. Qu'en est-il exactement ? Merci de bien vouloir nous éclairer sur ce point.