Régularisation sans preuve

Bonjour a tous, Je vais essayer d'être la plus claire possible, je vous remercie par avance pour votre aide précieuse ! Etudiante je bossais depuis avril 2011 le weekend sur une base de 60h par semaine. Ayant trouvé un boulot en CDD en Février 2012, j'ai demandé à ma direction de passer en 30h ce qui a été accepté par oral mais je n'ai jamais eu d'avenant dans ce sens (ma responsable a été changée et... plus de responsable). Par erreur de leur part, entre mars et mai 2012, mon salaire est resté basé sur 60h et mes absences étaient considérée comme "autorisées non payées" (donc déduites du salaire mensuel) ou même pas signalées sur la fiche de paie (chose que je leur ai moi-même signalé le mois où j'ai recu ma paie). Je touchais donc environ la moitié de mon salaire de base, ce qui paraît logique. J'ai démissionné par la suite en Septembre 2012. Je reçois aujourd'hui mon solde de tout compte (un peu tard certes mais j'ai déménagé entre temps ce qui a compliqué les choses). Et je m'aperçois que la boite a tout bonnement décidé de faire une régularisation de ces heures pour un montant qui correspond à plus de 90% du montant total de base. De plus ma dernière paye correspond au montant du solde de tout compte (ce que je ne comprend pas, c'est normal?) Mes questions sont donc : Ont-ils le droit d'effectuer une régularisation si tardivement sachant que je leur ai signalé plusieurs fois leur erreur et que les absences qui n'étaient pas signalées sur ma fiche de paye ne peuvent donc pas être prouvée ? (je rappelle qu'aucun avenant n'avait été signé) C'est un peu compliqué mais j'aimerais être sûre de moi avant de me tourner vers les prudhomme, je vous remercie donc grandement par avance pour votre aide ! Bien à vous, Laura