Question etat des lieux apres de nombreux travaux urgent

Bonjour, nous sommes locataires d'un pavillon depuis 3 ans et nous nous appretons à le rendre. Sur le bail il a été précisé que "le locataire beneficiera de 3 mois de loyers gratuits pour la remise en état du pavillon (sols, murs, plafond, electricité, chaudière au gaz)" sans plus de précisions. Nous avons effectué beaucoup de travaux de renovation/transformation qui ont pour certains impliqués le retrait de certaines choses figurant sur l'état des lieux d'entrée. Du coup, peut-on nous facturer ces choses retirées ? Dans la cuisine, nous avons enlevé des meubles encastrés, mais nous avons refait les murs, changé la robinetterie, fait des travaux de plomberie sous l'evier, repeint les placards et changé les poignets. Dans le salon, tout etait vieux et en mauvais etat, nous avons decollé la moquette sous laquelle il y avait un parquet que nous avons poncé et ciré, nous avons collé des plaques de placo aux murs et plafond, et tout repeint, changé des rideaux et tringles, enlevé le vieux crepis d'une cheminée et refait le compteur electrique qui etait hors norme. La chaudière a été réparée. Dans la chambre et salle de bain nous avons aussi collé du placo partout mur et plafonds + tout repeint egalement, mais aussi tout cassé dans la salle de bain qui etait très vetuste pour y ajouter une vasque integrée dans un meuble, ajouté un miroir avec des spots, et construit une cabine de douche en dur. Bref, dans la salle de bain où il y avait 2 miroirs il n'y en a plus qu'un ou encore il y avait des carreaux ils n'y sont plus, mais il y en a d'autres dans la douche; on a anlevé la plaque cuisson 2 gaz et 2 electriques par 4 gaz, dans la chambre le lambris a été enlevé, on a changé le lino de la chambre mais il est usé depuis donc on va remettre l'ancien, toute l'electricité a été refaite, on a également construit une dalle de beton sur laquelle on a posé une piscine que l'on compte leur laisser avec un systeme de nettoyage.. etc etc Bref, comment ça se passe dans ce cas ? Ils nous demandaient de refaire certaines choses sans veritables precisions à savoir si c'etait dans toutes les pieces ou non; de plus ces transformations plus d'autres de renovations ont modifiée fortement le logement d'origine, peut-on nous en tenir rigueur sachant que c'est largement mieux qu'avant ? Nous nous appretons à le repeindre à nouveau + autres petits travaux (mais quand même couteux en temps et en argent) et je ne voudrais pas que nous fassions tout ça pour rien, si on peut nous refuser notre caution qui est quand même de 2 mois. Merci beaucoup pour votre aide